El proceso de desinfección consiste en el uso de un agente desinfectante y algunos medios que permiten que este agente entre en contacto con el agua a tratar, tiene por objetivo el tratamiento de agua para remover microorganismos o eliminar su patogenicidad y prevención de la recontaminación del agua cuando se entrega a los consumidores. Los principales agentes desinfectantes son el cloro libre, cloro combinado (cloraminas) dióxido de cloro, ozono, luz ultravioleta.